Radna jedinica ''Čistoća'' u sklopu svoje djelatnosti obavlja poslove skupljanja, odvoza, obrade i skladištenja neopasnog otpada (komunalni i proizvodni), te poslove čišćenja javno-prometnih površina grada Varaždina.

Poslovi skupljanja otpada trenutno se obavljaju na području pet jedinica lokalne samouprave i to: grad Varaždin, te općine Trnovec Bartolovečki, Sveti Ilija, Vinica, Petrijanec. Preuzimanjem poslova od bivšeg koncesionara (Saubermacher) na navedenim područjima Varkom d.d. organizirao je sakupljanje na način da se iskoristivi dio otpada razvrstava ''na mjestu nastanka'', dakle u svakom domaćinstvu. U tu svrhu svi korisnici dobili su po još jednu posudu (zapremine 120 litara s plavim poklopcem) u koju odlažu otpadni papir i karton, plastičnu ambalaži, te tetrapak. Ovaj način postupanja s otpadom do tada u Hrvatskoj nitko nije primjenjivao, tako da je Varkom d.d. 2002. godine prvi u Hrvatskoj započeo po domaćinstvima prikupljati iskoristivi otpad ''na mjestu nastanka''. Obzirom da su i korisnici prepoznali vrijednost ovakvog pristupa rezultat je bio vidljiv već nakon prve godine. Tako se danas, na godinu, po domaćinstvu prikupi oko 85 kg iskoristivog otpada koji umjesto na odlagalištima završi u tvornicama za preradu sekundarnih sirovina (papir, plastika, staklo) gdje se iz njega izrađuju novi proizvodi. Rezultat i cilj ovakvog načina prikupljanja su smanjene količine ostalog otpada namijenjenog trajnom zbrinjavanju (u prosjeku se po domaćinstvu skupi 500 kg/godišnje ostalog komunalnog otpada). Navedenim načinom skupljanja otpada ukupno je obuhvaćeno oko 20.000 domaćinstava.

Poslove čišćenja javno-prometnih površina na području grada Varaždina Varkom d.d. započeo je u listopadu 2000. godine. O kvaliteti izvršavanja poslova dovoljno je spomenuti da je grad Varaždin od 2001. – 2009. godine (svaku godinu zaredom), od strane Turističke zajednice Hrvatske proglašavan najuređenijim i najčišćim gradom kontinentalne Hrvatske.